Nach der Entscheidung von Parlamentarischem Rat und Bundestag für Bonn als vorläufigen Regierungssitz der Bundesrepublik Deutschland wurde Honnef Teil der neuen „Hauptstadtregion“. Die Stadt gehörte von 1949 bis 1955 zur Enklave Bonn, ein der Alliierten Hohen Kommission unterstehendes Sondergebiet um den Regierungssitz. Für die Mitglieder der britischen Hochkommission entstanden in Honnef und Rhöndorf 14 Einzelhäuser mit großen Grundstücksflächen. Auch die SPD-Fraktion im Parlamentarischen Rat kam 1948/49 in Honnef unter. 1935 war der spätere Bundeskanzler Konrad Adenauer nach Rhöndorf gezogen. 1949 fand in seinem Wohnhaus die sogenannte „Rhöndorfer Konferenz“ statt, in der die Grundlagen für die politische Struktur nach der ersten Bundestagswahl geschaffen wurden. Nachdem Adenauer 1967 in seinem Wohnhaus verstarb, wurden 1970 die ersten Führungen durch das Haus angeboten. 1975 wurde in einem Neubau unterhalb des Hauses eine Ausstellung über sein Leben veröffentlicht. 1997 wurde das Ausstellungsgebäude neu gestaltet. Es zieht nach wie vor zahlreiche Touristen nach Bad Honnef.
1953 entstand an der Bergstraße die erste städtische Turnhalle. Von 1953 bis 1958 wurde die Bundesstraße 42 neben der rechtsrheinischen Bahnstrecke neugebaut, was den Neubau von drei Fußgängerbrücken über die Bundesstraße und die Bahntrasse erforderlich machte, um den Rheinuferbereich mit den Straßenbahnhaltestellen (heute Stadtbahn) nicht vom Rest der Stadt abzutrennen. Dem Neubau der Bundesstraße musste auch der Rhöndorfer Bahnhof weichen, der unterhalb der Straßenbrücke neu aufgebaut wurde. Ebenfalls im zeitlichen Zusammenhang mit dem Straßenbau wurde der Bahnhof Honnef (Rhein) 1957 umfassend verändert, wobei das Gebäude seinen klassizistischen Stil verlor sowie das Stellwerk verlegt wurde. 1958 erfolgte die Elektrifizierung der Bahnstrecke. Die Stadt erhielt aufgrund des Beschlusses der Landesregierung von Nordrhein-Westfalen vom 27. Januar 1960 den Zusatz „Bad“. In diesem Jahr wurde auch die Kurklinik Siebengebirge eröffnet. 1962 wurde das Mineralschwimmbad auf der Insel Grafenwerth abgerissen und bis 1963 durch einen Neubau ersetzt, gleichzeitig mit der Errichtung der neuen Trinkhalle. Ebenfalls 1963 siedelte sich das Deutsch-französische Jugendwerk (DFJW) in einem Gebäude an der Hauptstraße in Rhöndorf an. Im Juli 1969 ging die für acht Millionen D-Mark erbaute Kurklinik Drachenfels in Betrieb, die 1975 für 14 Millionen Mark umfassend erweitert und umgebaut wurde.
1967 hatte Honnef 16.269 Einwohner, von denen 149 in der Land- und Forstwirtschaft, 2.730 im verarbeitenden Gewerbe und 3.487 im Dienstleistungsbereich tätig waren. In 55 Industriebetrieben arbeiteten 3.319 Personen, den 1.880 Auspendlern standen 1.646 Einpendler gegenüber. An öffentlichen Einrichtungen waren 1967 vorhanden: ein Freibad, zwei Sportplätze, drei Kindergärten, sechs Turnhallen, zwei Krankenhäuser mit je 150 Betten, vier Volksschulen, vier Sonderschulen, eine Realschule und zwei Gymnasien.
Im Zuge der kommunalen Neugliederung des Raumes Bonn am 1. August 1969 wurde aus dem aufgelösten Amt Königswinter-Land die Gemeinde Aegidienberg als neuer Stadtbezirk Bad Honnef zugeordnet. Zuvor war auch ein Zusammenschluss Aegidienbergs mit den Berggemeinden Ittenbach, Heisterbacherrott, Oberpleis und Stieldorf erwogen worden. Wegen des Wachstums der Stadt stießen die Räume im damaligen Rathaus am Markt an ihre Kapazitätsgrenzen, so dass nach den Plänen des Architekten Joachim Schürmann in den Jahren 1982/83 im Ortszentrum ein neues Rathaus entstand. 1977 wurde der neue Hauptsitz der Bad Honnefer Stadtsparkasse eröffnet, 1980 eine Fußgängerzone eingerichtet.
Die Einnahmen aus dem Kurtourismus begannen in der einsetzenden Wirtschaftskrise ab 1980 und der folgenden Sparmaßnahmen der Krankenversicherungen deutlich abzunehmen. Der recht plötzliche Wegfall des Kurtourismus zwang die Stadt zu einem rasanten Strukturwandel. 1984 wurde auf dem Gelände der ehemaligen Drachenfelsklinik ein neues Altenheim eröffnet, 1986 in der vormaligen Kurklinik Siebengebirge das Seminaris-Hotel Bad Honnef als wichtiger Baustein des Wandels zur Tagungs- und Kongressstadt. Bereits im Herbst 1982 hatte die Akademie für Führungskräfte der Deutschen Bundespost einen Neubau im Süden von Selhof bezogen.
Zu Beginn der 1990er-Jahre wurde die Siebengebirgsbahn von der Straßen- zur Stadtbahn ausgebaut, verbunden damit waren eine Takterhöhung und der Neubau aller drei im Stadtgebiet liegenden Haltestellen. 1998 wurde das über 20 Millionen Mark teure Avendi-Hotel als weiterer Baustein des Wandels zur Tagungs- und Kongressstadt eröffnet. Bis Ende der 1990er-Jahre entstand im Honnefer Süden ein zweites Gewerbegebiet und ein neues Versorgungszentrum um den „Hit“-Markt herum, das Ende der 2000er-Jahre nochmals erweitert wurde. Von Juli 2010 bis April 2012 wurde von dort mit der sogenannten „Drieschweganbindung“ eine kurze Straßenverbindung zum Gewerbegebiet von Rheinbreitbach und zur Bundesstraße 42 geschaffen.
Vor der Verlegung des Regierungssitzes nach Berlin (1999) befand sich in Bad Honnef von 1997 bis 1999 die Residenz des neuseeländischen Botschafters. Als Folge der Verlegung verließ das Deutsch-Französische Jugendwerk Ende 2000 sein bisheriges Domizil in Rhöndorf, um nach Paris und Berlin umzuziehen. Die Stadt blieb jedoch Sitz einiger auf Bundesebene tätiger Organisationen und Interessenverbände. Im Rahmen der als Kompensentation für den Umzug von Parlament und Teilen der Bundesregierung beschlossenen „Vereinbarung über die Ausgleichsmaßnahmen für die Region Bonn“ wurde in Bad Honnef aus Bundesmitteln die Erweiterung der bereits 1998 gegründeten Internationalen Fachhochschule Bad Honnef-Bonn mit Schwerpunkt im Touristikbereich auf dem ehemaligen Gelände der St.-Anno-Handelsschule gefördert. Eine weitere Ausgleichsmaßnahme war die grundlegende Modernisierung der Selhofer Jugendherberge.
Im Mai 2000 erhielt Bad Honnef den vom Regierungspräsidenten verliehenen Titel „Erholungsort mit Kurmittelbetrieb“. Er soll die Stadt als Gesundheitsstandort stärken. Im selben Monat wurde das für 4,5 Millionen Mark modernisierte Freibad auf der Insel Grafenwerth eröffnet. Ende 2000 wurden das Hotel Avendi, der renovierte Kursaal, das Seminaris-Tagungshotel und ein Wellnesshotel zum Kongresspark Bad Honnef zusammengefasst. Ebenfalls im Jahre 2000 verlagerte das bekannteste der Honnefer Industrieunternehmen, Penaten, nach einem Beschluss des Mutterunternehmens Johnson & Johnson seine Produktion nach Italien und Frankreich, wobei der Standort Bad Honnef zum Teil erhalten blieb.
2002 wurde das Gewerbegebiet Rottbitze in Aegidienberg eröffnet, in dem etwa 300 Arbeitsplätze geschaffen wurden. Unweit des neuen Gewerbegebietes in Rottbitze entwickelte sich bis 2005 ein neues Versorgungszentrum unter anderem mit mehreren Tankstellen und Discountern. Am Dachsberg befindet sich zurzeit ein weiteres Gewerbegebiet in Umsetzung.
Am 1. Juli 2002 erschien nach 121 Jahren die letzte Ausgabe der Honnefer Volkszeitung (HVZ). Die Honnefer Volkszeitung wurde vollständig in den Bonner General-Anzeiger integriert, die das bisherige Blatt mit Archiv und Gebäuden übernahm und es seitdem als Lokalausgabe für den Siebengebirgsraum und den nördlichen Landkreis Neuwied verwendet. Der General-Anzeiger hatte die HVZ bereits 1989 für vier Millionen Mark gekauft. 2003 schloss nach rund drei Jahrzehnten das Bad Honnefer Hallenbad an der Endhaltestelle der Siebengebirgsbahn. Im Februar 2010 eröffnete dort ein Kulturzentrum, dessen Mittelpunkt eine Diskothek bildete.
Im September 2009 verhinderten die Bad Honnefer Einwohner per Bürgerentscheid die Einrichtung eines Nationalparks Siebengebirge.
Am 24. Januar 2010 wurde Bad Honnef die zehnte Fairtrade-Town Deutschlands.
Quelle: Wikipedia